Published in
Veri Bilimi
Tıp Fakültesinden Biyoenformatik Laboratuvarına…
Ağustos 2020, tüm dünyayı etkisi altına alan Covid-19 Pandemisi devam ederken, ben çiçeği burnunda bir Intern Doktorum şimdi; tabi hemen her şey gibi pandemiden nasibini almış bir Tıp Eğitimi Programı içerisinde…
Bir tarafta pandeminin klinik yüzü: bulaşanların semptomları, hastalığın seyri, hastaların takibi, kombine ilaç müdahaleleri, yoğun bakım üniteleri; diğer tarafta bilimsel araştırmalar… Bir çoğunuzun zihninde 'wetlab' görüntüsü canlandıran; beni ise daha çok 'drylab' dediğimiz bilişimsel analiz tarafıyla ilgilendiren… Daha anlaşılır haliyle drylab, toplanan verilerin bilgisayar üzerinde yapılan matematiksel analizlerle işlendiği ve istatiksel olarak anlamlı sonuçların hedeflendiği Veri Biliminin uygulama alanı olarak tanımlanabilir. Son yıllarda oldukça popüler olan Veri Biliminin, Moleküler Biyoloji ve Tıp alanlarına uygulanması tüm bilim dünyasının dikkatini çekmeyi başarmıştır. 2003 yılında, İnsan Protein Atlası isimli İsveç eksenli başlatılan ve tüm insan hücre, doku ve organlarındaki proteinlerin haritasının çıkarılmasının hedeflendiği proje, büyük veriler için gelişmiş kapasiteli, kompleks analizlerin uygulanabileceği yöntemlerin ve bu anlamda bilgisayarda uzmanlaşmış kimseler ile disiplinler arası çalışmaların gerekliliğini gözler önüne seren ilk örneklerden biri olmuştur. Öyle ki, günümüzde bilişimsel teknoloji ve biyolojinin kombine edildiği lisans, lisansüstü program sayısındaki artışı gözlemlemek mümkündür.
Benim Veri Bilimine girişimde, geçtiğimiz yaz İsveç Uppsala Üniversitesi'nde yaptığım Biyoenformatik stajı bir kilometre taşı olma niteliği taşımaktadır. Tıp Fakültesi'nde dahil olduğum deneysel&gözlemsel araştırmalar ile geliştirme şansı bulduğum istatistik programlarını kullanma yeteneğim, ilk kez 2019 ilkbahar aylarında Karolinska Üniversitesi'nde klinik araştırmalara kabulüm söz konusu olduğunda öne çıkmama yardımcı olmuştu. Karolinska Nörofizyoloji Departmanı'nda aksamadan devam eden deneysel&klinik araştırmaların yanısıra; toplanılan verilerin sistematik kategorizasyonu ve analizleri konusunda birikmiş bir iş yükü bulunmaktaydı. Fazla mesai ile ben biriken bu işleri bitirmeye çalışırken, tüm bunların benim için birkaç ay sonrasına bilgisayar mühendisleri ile aynı çalışma ekibinde staj olanağı yaratacağından bihaberdim. Buradaki çalışmalarım, bahsini ettiğim Biyoenformatik Laboratuvar'ına bir Tıp Fakültesi öğrencisi olarak kabulümde, disiplinler arası çalışma için kendimi yetiştirme çabama ek bir referans olma niteliğindeydi.
Biyoenformatik stajına gitme kararımdan kabulüm ve sonrasına dair daha detaylı anlatmam gerekirse; klinik deneyim isteyen arkadaşlarımın aksine, ben bir araştırma grubuna dahil olmak istiyordum. Ayrıca önceki staj deneyimlerimden de farklı olarak bu kez istediğim, tüm bilimsel araştırmalara yön veren, ivme kazandıran Veri Bilimi hakkında bir deneyim kazanmaktı. Bugün hepimizin sıkça duyduğu Makine Öğrenmesi ve bazı programlama dilleri hakkında online kurslara devam ediyordum ve bu anlamda başarılı bir ekip içerisinde geleceğe dair şansım konusunda bir fikir edinmem gerekiyordu. Alanında en iyilerden bir Biyoenformatik Laboratuvarı bulmuştum; fakat laboratuvar sorumlusu Profesör'ü, hiç de kompetitif olmayan programla becerilerimle stajım konusunda ikna edebileceğimden emin değildim. Sonunda kendisine, ilerleyen Tıp ve Biyoloji Bilimlerinde, Veri Biliminin önemi ve her ikisi hakkında bilgi ve tecrübe sahibi birilerine ihtiyacın olması konusuna değindiğim bir mail göndermiştim, bana bu şansı verebileceğini umut ederek tamamladığım...Gelen yanıt beklediğimden çok fazlasıydı; takdir edilmiştim, desteklendiğimi öğrenmiş ve kabulü almıştım. Gittiğimde bir projeye atandım, NIH anlaşmalı ortak bir proje, HIV aşı denemelerinden gelen veriler ile Makine Öğrenmesi yapılacak bu proje ile geçen zamanın her anı deneyerek, öğrenerek bazen başa sararak geçti. Stajımın son haftası gelmişti ve benim bulduğum çalışma sonuçlarını sunmam gerekiyordu. Sunumum bittiğinde, sonuçları rapor olarak göndermem gerektiğini çünkü makalede ismimin yer alacağını duymak deneyimlediğim tüm duyguların en güzeliydi, başarmıştım.
Biyoenformatik Laboratuvar'ında geçirdiğim yaklaşık üç ay, benim devamlı bir öğrenme sürecinde olduğum ve araştırmaya, düşünmeye sık sık sevk edildiğim; bilimsel toplantılara katılma, işinin ehli insanlarla tanışma ve son olarak bu insanlardan kariyer yolunda tavsiyeler alabilme şansını bulduğum sıra dışı bir deneyim olmuştur. Mezun olduğumda bir tıp doktoru olarak medikal bilgimi, geliştireceğim programlama yeteneğimle kombine edebileceğime ve bununla fark yaratabileceğime inanan, benim de inanmamı sağlayan alanında uzman kişilerle tanışmak benim için bugün tıp eğitimimde, yarın atmayı düşündüğüm kariyer adımlarımda en büyük motivasyonum haline gelmiştir. Bir yıl sonra bugünlerde, altı yıllık tıp eğitimimin sonuna gelecek olmanın heyecanı bir yana dursun; Veri Biliminde bu altı yıllık bilgi birikimim ve üstüne koyacaklarımla kendime yer bulabileceğim, başarılı olabileceğim bir lisans sonrası programı için fazlasıyla heyecanlı ve hevesliyim.
Bugün bunu okuyan herkese verebileceğim ilk tavsiye, daha önce milyonlar tarafından çizilmiş ve bir nevi sistem tarafından algısal olarak dayatılmış yolun dışında herhangi bir yolu izlemekten asla çekinmeyin demek olurdu. Kendi yolunuzu, kendi yetenek ve ilgilerinize göre sizin belirlediğiniz; bazen düşüp kalktığınız fakat nihayetinde, size ait olduğunu bildiğiniz bir çizgi tutturabildiğiniz, başarı ve ilham dolu bir hayat diliyorum her birinize.
Referanslar
1) https://en.wikipedia.org/wiki/Human_Protein_Atlas
Fotoğraflar İçin
2) https://aimed.protheragen.com/drug-research-and-development.html
Bu yazı BinYaprak misafir yazarlarından Nurşen Çetrez tarafından yazılmıştır. Teşekkürler Nurşen!
Yazar hakkında
BinYaprak Misafir Yazar henüz özgeçmişini yazmamış
Yorum